Olá,

no seu phpmyadmin insira o código abaixo:

SET SESSION group_concat_max_len = 99999999;
SELECT GROUP_CONCAT(concat('OPTIMIZE TABLE `', table_name, '`;') SEPARATOR '') AS O
FROM INFORMATION_SCHEMA.TABLES WHERE 
TABLE_TYPE = 'BASE TABLE'
AND table_name != 'dual'
AND TABLE_SCHEMA = '<nome do seu banco de dados>'

Após só rodar e aguardar.